תקופת הברונזה הקדומה היא התקופה שבה החלו לבנות את הערים הראשונות בעולם. בארץ כנען נבנו הערים יריחו, לכיש, ערד, מגידו, חצור ועוד, אך לקראת סוף התקופה הן ננטשו מסיבות לא ברורות. ראוי לציין שירושלים טרם נוסדה אז כעיר מוקפת חומה.

בשונה מתקופות קדומות יותר, תקופה זו עשירה בתעודות כתובות המספרות לנו על הנעשה במרחב הסובב אותנו. יש שהציעו לזהות בתקופה זו את הריאליה של סיפורי האבות, שבהם נזכרת ירושלים כעירו של מלכיצדק מלך שלם, ומכאן הכינוי שניתן לתקופה זו: "תקופת האבות".
בתקופת הברונזה התיכונה אנו עדים למעורבות מצרית בנעשה בארץ כנען ולחדירת שבטים מסוריה של ימינו. בכנען החלו שוב לבנות ערים – כמו דן, מגידו, שכם ועוד – לאחר הפסקה בת מאות שנים. באזורים שונים היו "ערי מדינה" דומיננטיות שמלכיהן שלטו בתחומי העיר ובשטח הסובב אותה.

מעורבותה של מצרים בנעשה בכנען הלכה וגברה בתקופה זו, ובמאה ה-15 לפסה"נ יצא פרעה תחותמס השלישי למסע מלחמה בארץ. בתקופה זו כמעט ולא נבנו ביצורים חדשים בכנען, והארץ נטלה חלק פעיל במסחר אינטנסיבי שהתקיים בכל האגן המזרחי של הים התיכון. בעבר הציעו לתארך את התנחלות בני ישראל באזורים שונים בארץ לסוף תקופה זו ומכאן השם "תקופת ההתנחלות", המתייחס לחלקה האחרון של התקופה.

באמצע המאה ה-14 לפסה"נ נזכרה ירושלים בפעם השנייה בתולדותיה, שוב במצרים, בטקסטים שאינם מקראיים. ירושלים הייתה מעורבת במאבקים פנימיים בין המושלים של המרכזים העירוניים האחרים, שיצרו קואליציה נגדה.

הממצא הארכיאולוגי מתקופה זו בעיר דוד ובסביבתה הוא דל ביותר. עם זאת, התגלו ממצאים שמתוארכים לשלהי התקופה, כדוגמת קברים שנמצאו בהר הזיתים וממצאים נוספים שאותרו בשכונת נחלת אחים הסמוכה לשוק מחנה יהודה, ועוד. לדעת פרופ' גבריאל ברקאי אף עמד מקדש מצרי באזור שמצפון לשער שכם של ימינו.

קרא עוד

לפי התיאור המקראי, בימי הבית הראשון קמה הממלכה המאוחדת בראשותו של המלך דוד ואחריו בנו שלמה. ייסודה של הממלכה היה כרוך במאבקים קשים נגד עמי האזור –  כדוגמת הפלישתים, הארמים, האדומים, העמונים והמואבים – ויצירת בריתות וקשרים מדיניים עם הפניקים וממלכת גשור הצפונית.

החוקרים חלוקים בדעותיהם אודות אופייה גודלה והריאליה של ממלכה זו. המקרא מספר שבירתה של ממלכת דוד ושלמה הייתה ירושלים, שהפכה לראשונה בהיסטוריה לבירת ממלכה כלשהי. דוד העלה את ארון הברית לירושלים ובנו שלמה בנה בה את בית המקדש, ובכך הושלם המהפך בתולדות העיר שהפכה מעתה גם לבירתו הרוחנית והדתית של העם היהודי.

מעשים אלה קבעו את חשיבותה וגורלה של ירושלים במהלך 3,000 השנים שבאו לאחריהם. בירושלים נכתבו פרקי מקרא רבים ופעלו בה, בימי בית ראשון, גדולי הנביאים כישעיהו וירמיהו.

פולחן אלוהי ישראל יוחד למקדש בירושלים, אך העדות המקראית, כמו גם העדות הארכיאולוגית, מלמדת על קיומם של אתרי פולחן ישראליים באתרים נוספים בארץ. בסופו של דבר נדחקו אתרים אלה מפני המקדש בירושלים, בעקבות רפורמות שנעשו בימי מלכים כגון חזקיהו ויאשיהו.

בימי רחבעם בנו של שלמה התפלגה הממלכה: ירושלים נותרה בירת ממלכת יהודה הקטנה במרכז הארץ ובדרומה, ומלכו בה מלכים משושלת בית דוד לאורך מאות השנים הבאות. ממלכת ישראל הצפונית הגדולה והחזקה יותר נשלטה על ידי שושלות מתחלפות בערי בירה שונות, שהחשובה שבהן הייתה שומרון.

כבר בראשית ימי הבית הראשון אנו עדים להשפעה הולכת וגוברת של המעצמות האזוריות על גורלה של ירושלים. פרעה שישק פלש לארץ בשלהי המאה ה-10 לפסה"נ, ובמאה ה-9 לפסה"נ התעצם כוחה של אשור. במחצית השניה של המאה ה-8 לפסה"נ, לאחר שממלכת ישראל מרדה נגד האשורים כבשו אלה את ישראל ואת בירתה שומרון והביאו את קיצה של הממלכה הצפונית בשנת 720 לפסה"נ. מלך יהודה, אחז, נמנע מלמרוד כנגד האשורים וכך הציל את ממלכתו מגורל דומה לזה של ממלכת ישראל אך יהודה, כמו המרחב כולו, נאנקה תחת עולו הקשה של השלטון האשורי. למרות זאת, הגיעה ירושלים בתקופה זו לשיא גודלה ובמישור הפנימי ביצע חזקיהו רפורמות דתיות שביצרו את מעמדם של ירושלים והמקדש. בשנת 705 לפסה"נ הנהיג חזקיהו מרד אזורי (בשיתוף הבבלים) נגד האשורים. הוא הכין את ירושלים למצור באמצעות בניית חומה חדשה ("החומה הרחבה" סביב הגבעה המערבית) וחצב מנהרת מים שהוליכה את מי מעיין הגיחון אל בריכת השילוח בין החומות. במערכה שהתפתחה בשנים הבאות הכניעו האשורים את המורדים וגם חזקיהו נאלץ לקבל את עולם מחדש ולשלם מס כבד, לאחר שערי יהודה נכבשו וחרבו. באירועים דרמטיים אלה מתבלטת דמותו של הנביא ישעיהו שתמך במהלכיו הפוליטיים של חזקיהו והבטיח שהלא יאמן יקרה: בירת ממלכת יהודה, ירושלים, לא תיפול ביד האשורים. הצלתה המופלאה של ירושלים מיד סנחריב, שהיתה אירוע חסר תקדים, נחרתה בתודעת בני התקופה ושיקפה בעיניהם את מעמדה המיוחד כעיר הקודש והמקדש הזוכה להגנה מיוחדת מן האל.

ממלכת יהודה שמרדה בסנחריב מלך אשור בימי חזקיהו ניצלה אמנם מהשמדה, אך נותרה תחת שליטה אשורית בדורות הבאים. גבולותיה העירוניים של ירושלים נשארו פחות או יותר קבועים, והעיר כללה את הר הבית, עיר דוד והגבעה המערבית. בסוף המאה ה-7 לפסה"נ, בימי יאשיהו, נכד חזקיהו, שהמשיך את רוח הרפורמות הדתיות של סבו, נקלעה יהודה למאבק גיאופוליטי בין מצרים, אשור והכוח העולה – בבל. בסופו של מאבק זה תפסה האימפריה הבבלית את מקומה של אשור כמעצמה אזורית וגם ירושלים באה תחת עול הבבלים.

בזמן הקצר שנותר עד חורבנה של ירושלים בידי הבבלים ניסו מלכי יהודה, יהואחז, יהויקים, יהויכין וצדקיהו לתמרן בין שני הכוחות האדירים שחבקו את יהודה: מצרים ובבל. בתוך הדרמה ההיסטורית עולה דמותו של הנביא ירמיהו  הנרדף על ידי יריביו הפוליטיים המביאים להשלכתו לבור הכלא, אך מתעקש להוכיח את מלכי יהודה ודורש מהם לקבל את מציאות השיעבוד לבבלים ולא לצאת כנגד רצון האל. חזונותיו של ירמיהו משמשים כלי רב ערך להכרת אירועי התקופה מנקודת מבטו של הנביא. מלך בבל מגיב בחומרה לנסיונות ממלכת יהודה להתנער משלטונו. ב-598 לפסה"נ הוא עולה על ירושלים ומגלה חלק מתושבי יהודה ואת מלכה, יהויכין. אך רוחות המרד לא דעכו וכעבור כעשר שנים שוב מורדת יהודה כנגד הבבלים. בשנת 586 לפסה"נ, בימי המלך צדקיהו, כבשו הבבלים את ירושלים והעלו את בית המקדש הראשון באש.

עידן התהפוכות: התקופה ההלניסטית החלה עם כיבוש הארץ בידי אלכסנדר מוקדון בשנת 332 לפסה"נ. מיד לאחר מותו של אלכסנדר החלו מלחמות בין יורשיו, ובין שנת 300 לפסה"נ ל-200 לפסה"נ נשלטה הארץ על ידי השושלת התלמיית ממצרים. במאה השנייה לפסה"נ שלטה בארץ השושלת הסלווקית מסוריה.
הרדיפות הדתיות של היהודים גרמו למרד החשמונאים (המקבים) בשנת 167 לפסה"נ, שבעקבותיו הוקמה בשלבים הממלכה החשמונאית. הצלחת המרד החשמונאי מצוינת עד היום בחג החנוכה. עם כיבוש הארץ על ידי הרומאים בשנת 63 לפסה"נ הפכה ממלכת החשמונאים לממלכה בחסות הרומאים.

בשנת 63 לפסה"נ, בעת שבני משפחת חשמונאי נאבקו ביניהם על השלטון, נכבשה הארץ על ידי פומפיאוס הרומאי, שהוזמן על ידי הצדדים לשפוט ביניהם. כך החלה בארץ התקופה הרומאית הקדומה, ומאז סרו החשמונאים למרותם של הרומאים.
בשנת 37 לפסה"נ החל הורדוס למלוך בחסות הרומאים, והוא פיאר את ירושלים ואת הר הבית. עם מותו התמנה בנו ארכילאוס למלך יהודה, אך הרומאים הדיחו אותו מתפקידו. החל משנת 6 לספירה שלטו ביהודה נציבים רומאים, עד שנת 41 לספירה.
בשנת 41 לספירה קיבל אגריפס, נכדו של הורדוס הגדול, את המלוכה על יהודה ושלט בה עד 44 לספירה. עם מותו שבה רומא לשלוט ביהודה באמצעות נציבים רומאים. הדיכוי הרומאי והציפיות היהודיות לגאולה הובילו בשנת 66 לספירה לפרוץ המרד הגדול נגד הרומאים, שהסתיים בחורבן בית המקדש בחודש אב של שנת 70 לספירה.

עם פרוץ המרד הגדול נגד הרומאים בשנת 66 לספירה, הגיע לארץ צבא רומאי אדיר (בשיאו מנה צבא זה כ-60 אלף לוחמים), והחל לדכא בנחישות ובאכזריות את המרד. בשנים הבאות נכבשה כל הארץ על ידי הרומאים, ובחודש ניסן של שנת 70 לספירה החל המצור על חומותיה של ירושלים.
בחודש אב העלו הרומאים, בפיקודו של טיטוס, את בית המקדש באש, וחודש לאחר מכן החריבו את העיר העליונה של ירושלים ששכנה מול בית המקדש. תקופת הבית השני שנמשכה כמעט 600 שנה הגיעה לסיומה.

בשנת 1516 נכבשה הארץ על ידי המעצמה הטורקית העות'מאנית. במהלך המאה ה-16 הצרו העות'מאנים את צעדי היהודים בירושלים, דבר שאפשר את תור הזהב של צפת. בימי סולימאן המחוקק ביצרו העות'מאנים את ירושלים וצפת, בנו ח'אנים ומבצרים ועוד.
עם זאת, כבר בסוף המאה ה-16 ניכרו הסימנים הראשונים של תהליכי השקיעה שפקדו את האימפריה ואת הארץ כולה, עד לראשית המאה ה-19. בתקופה זו, הודות למעורבות המעצמות ולמודרניזציה ההולכת וגוברת (אניות קיטור, טלגרף, הרכבת), הפכה הארץ מחצר אחורית מוזנחת של האימפריה לאבן שואבת לצליינים לחוקרים ולתיירים.

במאה ה-19 החל מחקרה המדעי של הארץ, ובסופה נבנו לראשונה שכונות מחוץ לחומות הערים והחלו העליות הציוניות לארץ ישראל. מעמדה של ירושלים התחזק והיישוב בה גדל. בשנת 1839 היו היהודים רוב בירושלים, ובשנת 1870 הייתה הקהילה היהודית גדולה יותר מכל הקהילות האחרות גם יחד (11 אלף איש מתוך 22 אלף תושבים). בראשית המאה ה-20 נרכשו אדמות רבות בעיר דוד על ידי הברון רוטשילד, ואלה עברו מאוחר יותר לבעלות מדינת ישראל.

בכ"ט בנובמבר 1947 חולקה הארץ בין יהודים לערבים על פי החלטת האו"ם. הערבים, שסירבו לקבל את ההחלטה, פתחו במלחמה. ערב מלחמת העצמאות חיו בירושלים כמאה אלף יהודים מתוך כ-600 אלף יהודים בכל הארץ. במהלך המצור שהטילו הערבים על העיר נעשו מאמצים אדירים למנוע את נפילתה, מתוך הבנת מעמדה המיוחד וחשיבותה ליכולת העמידה של היישוב כולו.

במהלך המאה הרביעית התנצרה האימפריה הרומאית בשלבים, ובירתה עברה לקונסטנטינופוליס, היא איסטנבול של ימינו. כנסיות ורחובות שנבנו לאורך התקופה שינו את אופייה של ירושלים, שהפכה לעיר נוצרית.
בעיר התקיימה קהילה יהודית מצומצמת, לפחות בחלק מהתקופה, ויהודים הורשו לעלות להר הבית בתשלום על מנת לבכות את חורבנו בתשעה באב. למרות קדושתה של העיר בעיני הביזנטים, היא לא הפכה בשום שלב לבירת האימפריה, ואף לא שימשה כבירת מחוז.