בשנת 1260 נכבשה ירושלים על ידי הממלוכים ('ממלוכ' פירושו עבד בערבית), מוסלמים ממצרים שתפסו שם את השלטון עשר שנים קודם לכן. ירושלים הפכה לעיר שולית באימפריה הממלוכית וחומותיה נותרו ככל הנראה בחורבנן. עם זאת, מבנים רבים הוקמו בעיר העתיקה – סביב הר הבית וגם עליו – ובהם שווקים, בתי מרחץ מדרסות ללימודי דת, מסגדים, מבני קבורה ועוד.
בתקופה זו הפך המסדר הפרנציסקני לנציג העולם הקתולי בארץ ישראל. המוסלמים השתלטו על קבר דוד וחדר הסעודה האחרונה בהר ציון, ובית הכנסת של היהודים נהרס על ידי הקהילה המוסלמית. לאחר מכן הוא נבנה מחדש בהוראת הסולטן שישב בקהיר.