תקופת הברונזה הקדומה היא התקופה שבה החלו לבנות את הערים הראשונות בעולם. בארץ כנען נבנו הערים יריחו, לכיש, ערד, מגידו, חצור ועוד, אך לקראת סוף התקופה הן ננטשו מסיבות לא ברורות. ראוי לציין שירושלים טרם נוסדה אז כעיר מוקפת חומה.

בשונה מתקופות קדומות יותר, תקופה זו עשירה בתעודות כתובות המספרות לנו על הנעשה במרחב הסובב אותנו. יש שהציעו לזהות בתקופה זו את הריאליה של סיפורי האבות, שבהם נזכרת ירושלים כעירו של מלכיצדק מלך שלם, ומכאן הכינוי שניתן לתקופה זו: "תקופת האבות".
בתקופת הברונזה התיכונה אנו עדים למעורבות מצרית בנעשה בארץ כנען ולחדירת שבטים מסוריה של ימינו. בכנען החלו שוב לבנות ערים – כמו דן, מגידו, שכם ועוד – לאחר הפסקה בת מאות שנים. באזורים שונים היו "ערי מדינה" דומיננטיות שמלכיהן שלטו בתחומי העיר ובשטח הסובב אותה.

מעורבותה של מצרים בנעשה בכנען הלכה וגברה בתקופה זו, ובמאה ה-15 לפסה"נ יצא פרעה תחותמס השלישי למסע מלחמה בארץ. בתקופה זו כמעט ולא נבנו ביצורים חדשים בכנען, והארץ נטלה חלק פעיל במסחר אינטנסיבי שהתקיים בכל האגן המזרחי של הים התיכון. בעבר הציעו לתארך את התנחלות בני ישראל באזורים שונים בארץ לסוף תקופה זו ומכאן השם "תקופת ההתנחלות", המתייחס לחלקה האחרון של התקופה.

באמצע המאה ה-14 לפסה"נ נזכרה ירושלים בפעם השנייה בתולדותיה, שוב במצרים, בטקסטים שאינם מקראיים. ירושלים הייתה מעורבת במאבקים פנימיים בין המושלים של המרכזים העירוניים האחרים, שיצרו קואליציה נגדה.

הממצא הארכיאולוגי מתקופה זו בעיר דוד ובסביבתה הוא דל ביותר. עם זאת, התגלו ממצאים שמתוארכים לשלהי התקופה, כדוגמת קברים שנמצאו בהר הזיתים וממצאים נוספים שאותרו בשכונת נחלת אחים הסמוכה לשוק מחנה יהודה, ועוד. לדעת פרופ' גבריאל ברקאי אף עמד מקדש מצרי באזור שמצפון לשער שכם של ימינו.