בשנת 539 לפסה"נ החלה התקופה הפרסית לאחר שהאימפריה הבבלית הובסה בידי כורש מלך פרס. שנה לאחר מכן אפשר כורש ליהודים לשוב לארצם, בראשות זרובבל בן שאלתיאל – שהיה צאצא למלכי יהודה – ששבצר הנשיא, וישוע בן יהוצדק הכהן הגדול. כך החלה תקופת שיבת ציון, וב-515 לפסה"נ נחנך מחדש בית המקדש.

באמצע המאה ה-5 לפסה"נ, עשרות שנים לאחר שהחלה שיבת ציון, עלו לארץ עזרא הסופר ואחריו נחמיה – שהיה פקיד רם דרג במלכות פרס – ועימם יהודים רבים נוספים. בימי עזרא ונחמיה נבנתה חומה סביב ירושלים שכללה אז רק את גבעת עיר דוד והר המוריה.